행정해석 사전답변 부가가치세

한국○○공단이 지방자치단체 및 사업자들과 상호협약하고 협약사업자로부터 사업을 위탁받아 수행하는 경우 면세여부

사건번호 사전-202-3법규부가0680 [법규과-2948] 선고일 2023.11.24

요 지

정부업무대행단체인 한국수산자원공단(이하 “공단”)이 ｢수산자원관리법｣ §55의2③에 따른 사업을 국가등으로부터 위탁받아 대행하는 경우 면세되나, 공단이 지방자치단체 및 사업자들과 ‘잘피 서식지 조성 및 관리’를 위한 상호협약을 체결하고, 일부 사업자로부터 사업을 위탁받아 대행하는 경우 부가가치세가 과세되는 것임

회 신

｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 한국수산자원공단(이하 “공단”)이 같은 법 제55조의2제3항에 따른 사업을 국가‧지방자치단체(이하 “국가등”)로부터 위탁받아 대행하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조에 따라 2021.4.1. 이후 공급분부터 부가가치세가 면제되는 것이나, 공단이 지방자치단체 및 협약기관들과 ‘탄소중립을 위한 잘피 서식지 조성 및 관리’를 위한 상호협약을 체결하고 협약기관 중 주관기관인 민간사업자로부터 ｢수산자원관리법｣ 제55조의2제3항 외의 사업을 위탁받아 대행하고 대행수수료를 지급받는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호에 따라 부가가치세가 면제되지 아니하는 것임

전 문

○ 한국수산자원공단(이하 “신청공단”)은 수산자원관리 사업 수행 등을 위하여 ｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 법인이며 ’21.2.17. ｢조세특례제한법 시행령｣의 개정으로 정부업무대행단체에 지정됨

○ 이에 따라 신청공단이 ｢수산자원관리법｣ §55의2③의 사업 중 국가‧지방자치단체의 업무를 대행‧위탁받아 수행하는 사업은 ’21.4.1. 이후 공급분부터 면세로 전환됨

○ 신청공단은 ’23.3월 ㈜**화학, 한국국제@@대책기구, △△△△㈜ (또는 “위탁사업자”)및 □□시와 상호협약을 맺고 ‘탄소중립·ESG경영 실행 잘피1) 서식지 조성관리사업(이하 “쟁점사업”)’을 수행할 예정임

○ 신청공단은 쟁점사업의 협약 당사자인 □□시는 ｢□□ 해양치유자원 관리 및 활용 조례｣ 제3조(이하 “□□시 조례”)에 따라 “해양치유자원을 관리 및 활용하여 □□시민과 관광객이 해양치유 혜택을 누리고 지역경제를 활성화할 수 있는 시책을 마련할 책무가 있으며”

• 해양치유자원에 대하여 □□시 조례에 명시적으로 정의한 바는 없으나, ｢해양치유자원의 관리 및 활용에 관한 법률｣ 등을 살펴보았을 때, 해양치유자원은 해양치유에 활용될 수 있는 해양자원을 의미하는 것으로서,

• 쟁점사업을 통하여 탄소중립 정책에 기여, 수산자원의 증강 및 어업인 소득증대, 해양보호 효과를 기대하고 있는 바,

• 쟁점사업은 □□시 조례에 따른 □□시장의 책무에 해당한다는 의견임*

* 신청공단은 이러한 해양치유자원의 관리 및 활용 책무를 상호 협력협약에 따라 □□시장을 위하여 대행한다는 의견임

○ 쟁점사업에 관한 사업협약 체결 흐름은 다음과 같음

○ 쟁점사업의 상호협력협약(이하 “상호협약”)의 주요내용은 다음과 같음

한국수산자원공단·**화학·한국국제@@대책기구·△△△△(주)·□□시(이하 개별적으로 “기관”, 총칭하여 “기관들”)은 탄소중립 등 지속 가능한 해양생태계 보전의 ESG경영을 위하여 다음과 같이 협약(이하 “본 협약”)을 체결

제1조(목적) 본 협약은 탄소중립을 위한 ‘잘피 서식지 조성 및 관리’ 등의 ‘탄소흡수원 확충(블루카본 기반 확대)’ 및 ‘ESG 경영 실천’을 위하여 기관들간 상호 협력하는 것을 목적으로 함

제3조(교류․협력사항) 기관들은 제1조의 목적을 안정적이고 효과적으로 달성하기 위하여 다음 사항에 적극 협력하며, 특정 분야 또는 특정 사항의 상호협력을 구체화하기 위해 별도 계약을 체결할 수 있음

가. 탄소중립 기여(블루카본 기반 확대)를 위한 잘피(거머리말) 이식 및 관리 등 해양생태환경 개선 및 ESG경영 전반의 사항

나. 해양생태계 보전과 탄소중립 등 블루카본(잘피숲 등)의 중요성에 대한 사회적 공감대 형성 및 홍보

다. 사업구역의 관할기관인 □□시는 잘피숲 조성과 관리사업의 전 과정 적극 협조

○ 신청공단과 △△△△(주)는 쟁점사업의 상호협력협약 제3조에 따라 ‘블루카본 잘피 서식지 복원 연구’에 대해 대행협약서를 체결(이하 “쟁점협약”)하였고 주요내용은 다음과 같음

제1조(목적) 본 협약의 목적은 “△△△△(주)”가 전남 □□시 관할 해역 내에 추진 예정인 ’블루카본 잘피 서식지 복원 연구‘ 을 대상으로 사업의 범위, 협약기간, 사업비 지급에 관한 사항, 관리·감독, 기타 수행에 필요한 사항 등 대행에 관한 사항을 정함

제2조(사업추진기관) 본 협약의 주관기관은 “△△△△”이 되고, 수행기관은 “신청공단”이 됨

제4조(대행사무의 범위) “신청공단”은 아래과 같은 사업을 대행한다.

① 사 업 명: 블루카본 잘피 서식지 복원 연구

② 사 업 지: 전라남도 □□시 관할 수역 내 1개소

• 조성면적: 2ha / 사업면적: 10ha 확대 목표

③ 사업내용(사업계획서에 따라 수행)

• 사업 대상후보지 적지조사 및 사업실행 구역 선정

• 잘피 서식지 확대를 위한 시범 이식 및 유지 관리

• 사업 효과 분석 및 모니터링 등

④ 사 업 비: 금 000,000,000원(금 억천만원)

⑤ 사업기간: 협약체결일부터 2026년 12월 31일 까지 적극 협조

제5조(사업계획서 등) “신청공단”은 협약서, 사업계획서, 관련 법령에 따라 본 사업의 계획을 별도로 수립하여 수행하여야 하고, “△△△△”에 제출·승인을 받아야 하며, 동일 사업비 범위 내에서 불가피한 사업계획 변경이 필요한 경우에는 “△△△△”과 사전 협의하여야 한다.

제6조(사업비 지급 등)

① “사업비”라 함은 본 사업 수행에 필요한 장비재료비, 사업활동비, 위탁사업비 및 기타 부대비용 등으로 모든 제반 소요 비용을 말함.

“△△△△”은 사업비 총 억천만원(000,000,000원)을 1차년도와 2~4차년도로 분할하여 다음 각 호와 같이 집행함

② “△△△△”은 공공기관 협력사업비 등 관계 법령 및 규정에 따라 예산의 범위 내에서 “신청공단”에게 지급함

③ “신청공단”은 사업비를 집행함에 있어 관계법령 등이 정하는 바에 의거 적정하게 집행하여야 하며(이하생략)

④ 직접비 간의 전용과 직접비 비목 간 20% 이상에 해당하는 전용은 “△△△△”의 승인 후 집행하고, 비목 간 20% 미만의 사업비 변경 및 비목 내 금액조정 등과 같은 경미한 사항에 대해서는 “공단”이 자체적으로 수립하고 “△△△△”에 보고하는 것으로 처리함

제7조(사업의 수행 및 사업관리)

② “신청공단”은 제2조 각 호의 사업 등을 추진함에 있어 중요 절차 이행 시 “△△△△”에 통보하여야 하며, 사업 시행 상 필요시 “△△△△”에 입회 등을 요청할 수 있음

③ 본 사업의 원활한 수행 등을 위하여 “△△△△”은 “공단”의 요청 등이 있을 시 이에 적극 협조하여야 함

제8조(지도․감독)

“△△△△”은 “공단”에 대하여 대행사무의 처리와 관련하여 필요한 사항을 보고하게 하거나 대행사무의 지도․감독에 필요한 서류․설치 등을 검사할 수 있다. 이 경우 “신청공단”은 이에 적극 협조하여야 함

제11조(사업비 정산)

① “신청공단”은 사업완료 후 집행내역을 첨부한 사업비 정산결과와 사업 결과 완료보고서를 각 사업 시행년도 마다 12월 말일까지 “△△△△”에 제공하여야 함

② “신청공단”은 제①항의 사업비 정산결과, 집행 잔액 및 이자 발생분에 대하여는 “△△△△”에 반납하여야 함

제14조(대행 수수료) “△△△△”이 “공단”에게 본 사업을 위탁 함에 있어 대행수수료는 본 사업비의 8%로 한다.

○ 쟁점사업의 연차별 추진계획(2023년~2026년)은 다음과 같음

2023년

2024 ∼ 2026년

병행 수행

사업구역 선정, 잘피 이식

(후보지 지형, 해양환경, 저질 및 생태계 조사, 종자채취, 이식 등)

이식(2차년), 모니터링(2-4차년)

(잘피 채취․이식, 서식환경, 개체군 관리, 모니터링 등)

홍보 및 국민 참여

(협력기관 및 국민 참여, 사업 대외 홍보(언론) 등)

※ 신청공단이 수행하는 쟁점사업은 ｢수산업법｣ §46에 따른 연구어업에는 해당하지 아니하는 것을 전제함